به درخواست شوراهای گفت‌وگوی استانی و با پیگیری‌های صورت گرفته از سوی مرکز بهبود کسب‌وکار اتاق ایران و کمیسیون حمل‌ونقل و لجستیک اتاق ایران، طرح استفساریه از مجلس شورای اسلامی در ارتباط با معافیت مالیات ارزش‌افزوده کارمزد دریافتی از صدور بارنامه شرکت‌های حمل‌ونقل از سوی شورای نگهبان تأیید شد.

به موجب جز 13 از بند ب ماده 9 معافیت‌های قانون مالیات ارزش‌افزوده 1400، «خدمات حمل‌ونقل (اعم از بار و مسافر) درون شهری و برون شهری و بین‌المللی جاده‌ای، ریلی و دریایی از شمول مالیات و عوارض بر ارزش‌افزوده معاف هستند.»

این بند با رویکرد حمایت از سرمایه‌گذاری، رفع موانع و ایجاد انگیزه در بخش حمل‌ونقل جاده‌ای برای تجهیز و مدیریت ناوگان مورد تصویب قرار گرفت. شرکت‌های حمل‌ونقل برای هر جابه‌جایی مکلف به صدور سند بارنامه هستند که از سوی وزارت راه و شهرسازی در اختیار متصدی حمل‌ونقل قرار می‌گیرد، بنابراین صدور بارنامه از لوازم فعالیت متصدی حمل‌ونقل است و باید مشمول اطلاق جز 13 بند ب ماده 9 قانون مالیات ارزش‌افزوده سال 1400 باشد و سازمان راهداری و حمل‌ونقل جاده‌ای، دریافت مالیات ارزش‌افزوده توسط شرکت‌های حمل‌ونقل را تخلف و مشمول جریمه دانست.

در این راستا سامانه وزارت راه به‌گونه‌ای طراحی شد که شرکت‌های حمل‌ونقل امکان دریافت مالیات از کارمزدهای صدور بارنامه را نداشته باشند. هرچند سازمان امور مالیاتی و ادارات تابعه فقط حمل‌ونقل را مشمول معافیت دانسته و اعلام کردند که معافیت مالیاتی مذکور قابل تسری به خدمات جانبی حمل‌ونقل از جمله صدور بارنامه نیست و نسبت به مطالبه مالیات ارزش‌افزوده از کارمزد دریافتی شرکت‌های حمل‌ونقل که بابت بارنامه‌ها صادر می‌کنند؛ اقدام صورت گرفت و مشکلات برای فعالان این حوزه ایجاد شد.

در راستای حل مشکل فعالان اقتصادی این حوزه و به درخواست کمیسیون حمل‌ونقل اتاق ایران و شوراهای گفت‌وگوی دولت و بخش خصوصی استانی، این موضوع در کارگروه شورای گفت‌وگوی دولت و بخش خصوصی در وزارت اقتصاد و نشست کمیته حمایت از کسب‌وکار در بهمن ماه 1403 مطرح و مقرر شد تا استفساریه مبنی بر معافیت مالیات بر ارزش‌افزوده کارمزد دریافتی از صدور بارنامه شرکت‌های حمل‌ونقل از مجلس شورای اسلامی دریافت شود.

 در نهایت طرح استفساریه در مجلس شورای اسلامی مطرح و مورد تصویب قرار گرفت و شورای نگهبان در جلسه 24 اردیبهشت 1404 تأیید کرد که مصوبه مجلس مغایر با موازین شرعی و قانون اساسی نیست و بدین ترتیب مشکل فعالان اقتصادی مرتفع شد.